Das von Fritz Karl Mann ins Leben gerufene Institut nahm im Mai 1927 seine Arbeit auf. Es hieß zunächst ‚Institut für internationale Finanzwirtschaft’ und beschäftigte sich vorwiegend mit den damaligen Reparationsproblemen des Deutschen Reiches. Schon bald wurde es in ‚Finanzwissenschaftliches Forschungsinstitut’ umbenannt, da sich die Tätigkeit schnell auf generelle Fragen von Staatseinnahmen und -ausgaben ausweitete. Eine Reihe großzügiger Stiftungen sicherte den zügigen Auf- und Ausbau der eigenständigen finanzwissenschaftlichen Forschung.
1936 erlitt diese Entwicklung einen scharfen Bruch. Fritz Karl Mann musste vor den antisemitischen Verfolgungen der nationalsozialistischen Regierung ins amerikanische Exil fliehen. Der Lehrstuhl für Finanzwissenschaft an der Universität wurde geschlossen. Das Institut war davon offiziell zwar nicht betroffen, doch seine Aktivitäten flauten deutlich ab. Krieg und Nachkriegszeit brachten die Forschung dann nahezu ganz zum Erliegen.
Am 14. Februar 1949 gründeten engagierte Vertreter von Industrie, Banken, Verbänden und öffentlichen Verwaltungen die gemeinnützige Gesellschaft zur Förderung der finanzwissenschaftlichen Forschung e.V. als Förderer sowie als rechtlichen und finanziellen Träger des Instituts. Nachdem die Satzung auch von der Kölner Universität akzeptiert worden war, erhielt das Institut seinen heutigen Namen ‚Finanzwissenschaftliches Forschungsinstitut an der Universität zu Köln’ und nahm unter Günter Schmölders Leitung die Forschung wieder auf.
Unter seinem Nachfolger Karl-Heinrich Hansmeyer, der das FiFo von 1972 bis 1993 geschäftsführend leitete, erweiterten sich die Forschungsfelder des Instituts. In Ergänzung seiner traditionellen Themen (Steuern, Staatsausgaben, Regionalpolitik) wandte sich das FiFo als eines der ersten deutschen Forschungsinstitute der seinerzeit ‚jungen’ Umweltökonomie zu. Sie ist zur ‚zweiten Säule’ der FiFo-Forschung und -Beratung gewachsen.
Von 1993 bis 1998 war Klaus Mackscheidt geschäftsführender FiFo-Direktor, ihm folgte Wolfgang Kitterer.
Am 6. Dezember 2002 hat das Fifo mit einer festlichen Veranstaltung sein 75-jähriges Gründungsjubiläum gefeiert. Der Vorstand der Gesellschaft zur Förderung der finanzwissenschaftlichen Forschung e.V. und die Direktoren des Instituts richteten ein Symposium zum Thema "Kommunale Steuer- und Finanzreform" aus.
Ab 2005 war Clemens Fuest geschäftsführender Direktor. Er richtete die Arbeit des Instituts verstärkt auf die moderne Steuerforschung sowie auf Fragen des Fiskalföderalismus und der quantitativen und qualitativen Nachhaltigkeit der Finanzpolitik aus.
Mit der Neubesetzung des Lehrstuhls für Finanzwissenschaften der Universität zu Köln im Jahre 2011 durch Prof. Dr. Bierbrauer folgte auch seine Berufung in die Direktion des FiFo.